Il concerne des élèves de tous les lycées, généraux, technologiques, professionnels et agricoles ainsi que les classes de BTS. Un établissement ne peut cependant pas participer deux années de suite et doit attendre trois ans avant de poser une nouvelle candidature.
Après l’annonce des livres sélectionnés pour le prix Goncourt par les membres de l’académie Goncourt, la Fnac remet les ouvrages de la liste à chaque classe. Les lycéens ont deux mois pour lire les romans, avec l’aide des enseignants, de septembre à novembre de chaque année. Pendant cette intense période de lecture, des rencontres régionales sont organisées entre auteurs et lycéens.
À l’issue de l’étude des livres, les classes élisent un délégué pour présenter leur tiercé de livres gagnants et défendre leurs choix lors de délibérations régionales qui ont lieu dans six villes en simultané.
Chaque région choisit ses deux représentants et son tiercé de livres gagnants. Une finale se tient ensuite à Rennes, berceau du prix. À l’issue des délibérations, le prix Goncourt des lycéens est proclamé et rendu public.